◆相補配列◆

DNA塩基配列から相補配列を生成

Study C販売のご案内
Study Cのオンライン販売を行っております。
是非ご利用ください。

　DNA塩基配列の5'末端からの相補配列を作るには、文字列(塩基配列)を前後逆転する必要があります。文字列操作のケーススタディに文字列の前後逆転を行うプログラムがあるのでベースとして使用します。


                                                                               
#include <stdio.h>

main()
{
	char result[100];
	char *str;
	int i, j, len;

	str = "acgtaaccggttatgctata";
	len = strlen(str);
	j = 0;
	for (i = 0; ; i++) {
		if(*(str+i) == '\0')
			break;
		result[j++] = *(str+(len-i-1));
	}
	result[j] = '\0';
	printf("%s\n", result);
}

上記のプログラムを実行するとstr変数にセットした塩基配列が前後逆転して表示されます。


atatcgtattggccaatgca

前後逆転した塩基配列文字列は、配列resultに代入されていきます。このとき、文字列を下記のように変換します。

変換は大文字小文字ともに行います。また、上記以外の文字は変換しないことにします。


                                                                               
#include <stdio.h>

main()
{
	char result[100];
	char *str, ch;
	int i, j, len;

	str = "acgtaaccggttatgctata";
	len = strlen(str);
	j = 0;
	for (i = 0; ; i++) {
		if(*(str+i) == '\0')
			break;
		ch = *(str+(len-i-1));
		switch(ch){
		case 'a': ch = 't'; break;
		case 'A': ch = 'T'; break;
		case 'g': ch = 'c'; break;
		case 'G': ch = 'C'; break;
		case 'c': ch = 'g'; break;
		case 'C': ch = 'G'; break;
		case 't': ch = 'a'; break;
		case 'T': ch = 'A'; break;
		}
		result[j++] = ch;
	}
	result[j] = '\0';
	printf("%s\n", result);
}

お問い合わせ先

バイオインフォマティクスのページに戻る